Sú prázdniny a tie trávi Harry ako po minulé roky - znovu u svojho nepríjemného strýka Vernona a tety Petunie. Tento raz však na návštevu zavíta aj protivná teta Marge. Pár dní pred začiatkom školského roka sa však stane čosi neočakávané, čo zaplní všetky noviny a televízne spravodajstvá. Je vyhlásené pátranie po nebezpečnom zločincovi, ktorý ušiel z Azkabanu – väzenia čarodejníkov. Harry čoskoro zistí, že tento utečenec – Sirius Black – bol v minulosti obvinený z niekoľkých vrážd a zrady jeho rodičov. Nanešťastie sa tiež snaží nájsť práve Harryho. Je však Sirius skutočným zločincom alebo je to inak a za všetkým znova stojí Ten-Čo-Ho-Netreba-Menovať? Do vyriešenia tejto nebezpečnej záhady sa pustí Harry spolu so starými známymi kamarátmi Ronom a Hermionou.

Aj vďaka režisérovmu filmárskemu štýlu je tretí diel výrazne temnejší a strašidelnejší ako predošlé dve časti.

Harry Potter a jeho priatelia Ron a Hermiona sa vracajú tretí rok do Rokfortskej školy čarodejníckej, kde majú čeliť ich najstrašnejším obavám. Musia si poradiť s najnebezpečnejším zločincom, ktorý unikol z väzenia a zároveň hrôzostrašnými dementormi, ktorí ich majú chrániť.

13-ročný Harry Potter neochotne trávi ďalšie leto u nudných príbuzných Dursleyovcov, kde sa musí správať slušne a hlavne nečarovať. Všetko sa zmení, keď ich jedného dňa navštívi sestra strýka Vernona teta Marge. Vždy bola na Harryho obzvlášť nepríjemná a jedného dňa zájde až tak ďaleko, že Harry „omylom“ zapríčiní jej nafúknutie sa na ozrutný balón a následné vzlietnutie. Obávajúc sa trestu od tety a strýka (a následky v Rokforte a na Ministerstve mágie, ktoré prísne zakazuje študentom čarovať v nečarodejníckom svete) Harry uniká z domu do tmavej noci.

Čoskoro sa mu podarí nastúpiť do Rytierskeho autobusu - fantastické trojposchodové fialové vozidlo - ktoré ho dopraví až do Deravého kotlíka. Po príchode sa Harry stretáva s ministrom mágie Korneliusom Fudgeom, ktorý neočakávane nepotrestal Harryho pre jeho nedovolené zaklínadlo a namiesto toho naliehal, aby noc pred návratom do Rokfortu strávil v hostinci.

Ukáže sa, že príčinou, prečo Fudge nevylúčil Harryho, je nebezpečný a tajomný čarodejník, Sirius Black, ktorý ušiel z väzenia Azkaban a všetci sú presvedčení, že hľadá Harryho. (Podľa domnienok je to práve Black, ktorý je zodpovedný za pomoc lordovi Voldemortovi pri náhlej smrti Harryho rodičov a teraz je odhodlaný zabiť aj Harryho). Z toho vyplýva, že jediné bezpečné miesto preňho je Rokfort.

Akoby to všetko ešte nestačilo, Rokfort musí hostiť desivých strážcov dementorov, ktorí sa pokúšajú chrániť Harryho a školu od Blacka. Vysávajú duše z ich obetí a nanešťastie pre Harryho, pôsobia naňho nevysvetliteľne vyčerpávajúco. Z ich zlovestnej prítomnosti mladého čarodejníka mrazí v kostiach, stáva sa prakticky bezmocným, dokým profesor Lupin, nový profesor obrany proti čiernej mágii, naučí Harryho, ako použiť kúzlo Patronus, ktoré ho ochráni od zničujúceho vplyvu dementorov.

Harryho tretí rok na Rokforte je naplnený vzrušujúcimi novými postavami ako Hrdozobec, čarovný polo vták/polo kôň, stvorenie zvané hipogrif, tajomnými stretnutiami s predzvesťami smrti známe ako bes a dobrodružstvami berúcimi dych, vrátane zatajovaných návštev čarodejníckej dediny Rokville, dešifrovanie tajomstva ukrytého v začarovanej Záškodníckej mape a desivý výlet do Škriekajúcej búdy (najstrašidelnejšej budovy v Británii). Počas všetkého sa Harry snaží nájsť zmysel v Hermioniných nejasných zmiznutiach a objaveniach. Spoločnosť mu robia okrem iného aj Ron a polobor Hagrid, ktorý dostal miesto v Rokforte ako profesor starostlivosti o zázračné tvory.

Zrážka medzi Harrym a tajomným väzňom Siriusom Blackom vyzerá neodvratne na spadnutie... aký presne je však vzťah medzi profesorom Lupinom a Blackom? V čom spočíva temné tajomstvo, ktoré chce profesor Snape silou-mocou odhaliť? Prečo sa chce Ronov potkan Prašivec vždy čo najskôr vymaniť z jeho objatia? Harry bude potrebovať všetku odvahu, kúzla a podporu, aby mohol nájsť odpovede na tieto otázky, odhaliť pravdu o Siriusovi Blackovi a vyrovnať sa s minulosťou mladého čarodejníka, ktorá je zahalená tajomstvom.